El Túnel Subfluvial cuenta con sistemas alternativos de pago de peajes para brindar mayor comodidad a quienes circulan diariamente por el viaducto, y disminuir los inconvenientes producidos por el manejo de efectivo en las cajas.
El Túnel Subfluvial cuenta con 2 estaciones de peaje, ubicadas en cada una de las cabeceras de las provincias de Entre Ríos y Santa Fe. Cada estación cuenta con 4 vías de entradas al Túnel y 1 de salida que se divide en 2 para ordenar el tránsito y permitir el avance de los vehículos más rápidos ante los camiones que circulan más lentamente.
El cobro de la tarifa se realiza a través de un sistema informático (cobro, control y registros contables) que trabaja en conjunto con un sistema de detección de altura, ancho y ejes, estableciendo la categoría que le corresponde al vehículo que cruza. Se puede abonar en efectivo, por crédito (Cabal, Mastercard y Visa) o débito (Maestro, visa, Mastercard y Cabal) en la misma vía de peaje. A diferencia de las recargas de tarjeta, que de realizarse en la vía de peaje, solo pueden abonarse en efectivo. Para otros medios de pago hay que dirigirse a la oficina de Atención al Usuario u oficina de Supervisores.

Abonos
Para realizar el trámite inicial para adquirir la tarjeta de usuario frecuente y pagos con tarjetas de crédito o débito: Presentarse en Oficina de Atención al Usuario – Peaje Santa Fe – de lunes a viernes, de 7 a 12.30 horas.
Tarjeta de Usuario Abonado categoría 1
La carga mínima son 20 cruces con (50 % de descuento), con un vencimiento de 44 días corridos a partir de la habilitación.
Trámite inicial
Para acceder a este beneficio se le solicitan datos personales y presentación de tarjeta verde del vehículo. Días hábiles de 7 a 12.30 horas. Oficina de atención al usuarios, en la cabecera Santa Fe.
Lugares de recargas y medios de pago
En vías de peaje, las 24 horas: solo efectivo. Para realiza el pago con tarjetas de débito, crédito y efectivo, dirigirse a la oficina de Atención al Usuario, de lunes a viernes, de 7 a 12.30 horas; o a la oficina de Supervisores, todos los días de 6.30 a 11.30, de 13 a 17.30 y de 19 a 23 horas.
Camiones correspondientes a la categoría 6 para recargas con descuento del 20%, únicamente en oficina de Supervisores, las 24 horas, o en la oficina de atención al usuario de 7 a 12.30 horas.
Tarjeta prepaga
Disponible para todas las categorías (inclusive la categoría 1)
Funciona como monedero virtual (evitando tener que portar efectivo), el monto acreditado no tiene vencimiento y no se requiere una carga mínima. Este servicio no cuenta con descuentos.
Trámite inicial
Se le solicitan datos personales y del vehículo (tarjeta verde).
Lugares de recargas y medios de pago
Oficina de Supervisor, lode 6.30 a 11.30, de 13 a 17.30 y de 19 a 23 horas: Contado efectivo, tarjeta de débito (Maestro, Visa y Mastercar, Cabal) o de crédito (Cabal, Mastercard y Visa) y oficina de atención al usuario de 7 a 12.30 horas.
Categoría I: Subsidio por abono
01. Descuento del 50% aplicable a todo vehículo Categoría I que lo requiera.
02. Los cruces son válidos para el vehículo habilitado por el solicitante.
03. El sistema de cruce por el peaje será mediante la utilización de tarjetas de aproximación.
04. Modalidad: prepago con vencimiento a los 45 días. Con un mínimo de cargas de 20 cruces y un máximo de 60.
Categoría VI: Subsidio por abono
Requisitos a cumplimentar por las empresas de transporte de carga Categoría VI radicadas en las provincias de Entre Ríos y Santa Fe
01. Descuento del 20% aplicable a las empresas radicadas en la provincia de Entre Ríos y Santa Fe
02. Los cruces deben realizarse con unidades de propiedad de la empresa solicitante.
03. El sistema de cruce por el peaje será mediante la utilización de tarjetas de aproximacion.
04. Modalidad: prepago sin vencimiento con tope de recargas de hasta 60 cruces.
05. Plazo de vigencia: 1 año renovable con la actualización de la documentación requerida.
06. Documentación a presentar:
- Nota dirigida a la comisión administradora solicitando el descuento previsto en la resolución del CSI siendo la empresa radicada en la provincia de Entre Ríos y Santa Fe
- Para empresas regularmente constituidas, copia certificada del estatuto o contrato social.
- Listado de unidades de propiedad de la empresa identificados por patente y tipo de vehículo.
- Nota con carácter de declaración jurada de que las tarjetas serán utilizadas únicamente para vehículos de la empresa solicitante conforme el listado presentado.
- Constancias de inscripción en AFIP e ingresos brutos y libre deuda correspondiente.
07. El incumplimiento de algunas de las condiciones requeridas es motivo suficiente para no gozar del descuento concedido.